برای انعقاد موافقتنامه کشتیرانی تجاری-دریایی ابتدا مجوز امضای موافقتنامه با هر کشور باید از هیات وزیران اخذ شود. سپس متن پیشنهادی  موافقتنامه از طریق مجاری دیپلماتیک (در اجلاسهای مشترک بین دو کشور یا از طریق وزارت امور خارجه) به کشور  مقابل ارائه می شود و پس از اعمال نظر طرفین بر روی متن و نهایی شدن آن، این سند توسط مقامات دریایی (یا توسط سفرا) دو کشور امضای مقدماتی (پاراف) می شود. در ایران این متن باید توسط مرکز امور حقوقی ریاست جمهوری تایید (تطبیق) شود.در مرحله بعدی متن پاراف شده توسط وزیران ذیربط دو کشور در جریان برگزاری اجلاسهای کمیسیون مشترک اقتصادی دو کشور امضاء می شود. سند امضاء شده پس از تایید توسط هیات وزیران، مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان، به وسیله رییس جمهور جهت اجرا ابلاغ می شود.